Spike Jonze bizi gerçeklerden uzak psikolojik bir bataklığa yönlendirir.

John Malkovich Olmak, sürreal bir komedidir.

Sürrealizm, rüyaların mantığını izleyen bir harekettir. Gerçeküstü görüntüler genellikle komik veya saçmadır. Ancak tamamen komik değildir. Genelde arkalarda irrasyonel bir mantık vardır.

Craig Schwartz New York'ta bir sokak kuklacısıdır. Yani işsiz ve beş parasızdır. Schwartz bu kukla işinde oldukça iyidir ancak kimse kutunun içine para ya da yiyecek bırakmamaktadır. 

Craig, kendince yetenekleri olan bir sanatçıdır. Ancak bu meslek ona elbette ki hayatta kalmasını sağlayacak parayı kazandırmamaktadır. Bu nedenle önemli bir kararın eşiğinde olduğunu hissetmektedir. Craig'in karısı Lotte, bir pet shopta çalışmaktadır. Sürekli olarak eşinin oldukça tuhaf yanlarından dem vuran Lotte, Craig'in canını fazlasıyla sıkmaktadır.

Şansı yaver giden kuklacı Craig, bir firmada yeni bir iş bulur. Şirkette tanıştığı Maxine isimli bir kadın onun ilgisini cezbeder. Ancak Maxine, Kuklacı ile hiçbir şekilde ilgilenmemektedir. Bir gün Craig çalıştığı ofiste gizli bir kapı bulur, kapıdan içeri girer ve kendini John Malkovich'in bedeninde bulur.